Otro de los conflictos íntimamente relacionados con el Colisionador de Hadrones es la contraposición que puede darse con la comunidad religiosa, principalmente con los Cristianos y sus derivados (entiéndase católicos, protestantes, testigos de Jeovah, etc.) dado que los preceptos de la creencia religiosa no tienen una compatibilidad lógica con la hecha por la física.
El problema radica en la comprobación de datos. Así como Dios no puede ser comprobado empíricamente, tampoco es posible denegar su existencia por pruebas de irrefutabilidad. Una de las primeras problemáticas que sostiene el LHC es que el tiempo y el espacio se creó en el momento de la creación del Big Bang, algo que religiosamente podríamos llamar el "Nacimiento de Dios" o la muerte del mismo ya que este "ente" se encuentra fuera de estas medidas espacio-temporales aunque también es él el espacio y el tiempo.
Uno de los objetivos de este experimento, como lo hemos mencionado anteriormente es descubrir o comprobar la existencia del Bosón de Higgs que es la partícula unitaria creadora de todo lo demás que se conoce como materia. Éste es la conocida "partícula de Dios" donde se generó absolutamente todo lo que conocemos y que, sin embargo, no hay grandes conocimientos sobre ella por ser "invisible" (no por pequeña, sino por espontánea). Podría ser la herramienta que Dios hizo para que el resto de la materia se generara, o quizás ese Dios se llama Naturaleza.
Mientras la religión se basa en el misticismo, la ciencia se basa en la comprobación de teorías y postulados. El Big Bang es y seguirá siendo una teoría sin comprobar y el Colisionador de Hadrones sólo plantea la creación de un universo como éste a partir de la confrontación directa de materia y en sus primeros momentos después de la creación del universo. Podrán haber sido 7 días o tan solo unos microsegundos, pero la ciencia y la religión se confrontan en ciertos puntos donde sólo la humaidad está lista para ellos en este preciso momento de la historia donde uno pierde terreno y el otro credibilidad.
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